2000-2014
MUDr. Pšikal působil ve funkci ředitele nemocnice do května roku 2005, kdy ho na jeho pozici vystřídal Ing. František Fuit. Právě Ing. Fuit se o několik měsíců později, v lednu 2006, stal také prvním předsedou představenstva nově vzniklé Kroměřížské nemocnice a.s., jejímž stoprocentním akcionářem byl a do dnešní doby je Zlínský kraj. Dalšími členy představenstva byli jmenováni MUDr. David Vindiš a Eugen Trhlík.
Za dobu fungování akciové společnosti prošla Kroměřížská nemocnice mnohými změnami, z nichž nejviditelnější bylo možné zaznamenat v oblasti ekonomiky. Nemocnici se podařilo zmírnit velké, mnohamilionové zadlužení. Mimo to zaznamenal rozvoj také areál nemocnice, kde bylo mimo jiné zprovozněno zcela zrekonstruované dětské oddělení. Do jeho oprav investoval Zlínský kraj dvacet čtyři milionů korun, Kroměřížská nemocnice a.s. investovala do přístrojového vybavení dalších osm milionů korun.
Na konci října 2008 stojí ve vedení nemocnice ředitel Ing. František Fuit, na pozici náměstka pro zdravotnické činnosti působí MUDr. Lumír Domes, náměstkem pro LPP je MUDr. Pavel Třeštík, náměstkyní pro ošetřovatelskou péči je Jaroslava Staňková. Předsedou představenstva zůstává Ing. František Fuit, členy přestavenstva jsou MUDr. Lenka Mergenthalová a MUDr. Lumír Domes.
1. prosince 2008 přichází do Kroměřížské nemocnice a.s. nové vedení. Ve funkci předsedy představenstva střídá Františka Fuita Ing. Pavel Calábek, který se zároveň stává ředitelem nemocnice. Ke změně dochází také na pozicích členů představenstva, do kterého byla zvolena Ing. Ladislava Martincová a Ing. Roman Dostalík. Na pozici náměstka pro LPP i nadále zůstává MUDr. Pavel Třeštík, náměstkyní pro ošetřovatelskou péči je od ledna 2009 Marie Christovová. Ve stejný měsíc dochází také k dalším významným změnám ve zdravotnickém zařízení. Nemocnice si od dodavatelů opět přebírá úklid a praní prádla, které dosud zajišťovaly externí firmy.
Ing. Pavel Calábek působil ve funkci ředitele Kroměřížské nemocnice a.s. do července 2013, kdy ho ve funkci vystřídal Ing. Roman Dostalík, následně ho v představenstvu doplnili MUDr. Lumír Domes a Ing. Svatava Mazurková.
28. ledna 2014 přichází do Kroměřížské nemocnice nové představenstvo ve složení MUDr. Lenka Mergenthalová, MBA, Ing. Hana Příleská a Ing. Svatava Mazurková. Nový management přichází jako krizový a postupně nastavuje mnoho změn, které vedou ke zlepšování ekonomické kondice společnosti. Ta se během roku 2014 dostala z hranice na pokraji insolvence a končí tento rok kladným hospodařením se ziskem 26,7 milionů korun.